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大规模寡核苷酸合成案例分享

TIME:2023-6-8

2020年mRNA疫苗的成功,让核酸药物成为整个制药行业炙手可热的赛道。也让同属于核酸药物的小核酸药物引起了广泛关注。其实早在1998年,就已经有小核酸药物上市。至今共15款小核酸药物获得FDA批准(其中2款ASO药物和1款适配体药物由于销售额过低等原因退市)。据统计,自2016年到2021年全球小核酸药物市场规模从0.1亿美元已增长至32.5亿美元,年复合增长率达217.8%。展示出巨大的增长潜力。

 

虽然同属于核酸药物,mRNA和小核酸药物的生产工艺大不相同。mRNA通常分子量较大,达上千nt,目前多采用以线性化质粒为模板进行体外转录(IVT)制备。而小核酸药物主要包括反义寡核苷酸 (ASO)、小干扰RNA (siRNA)、微小RNA (miRNA)、小激活RNA (saRNA)、信使RNA (mRNA)、RNA适配 (Aptamer),一般小于100nt,通常在20-30nt,目前制备工艺仍以固相合成工艺为主。

 

寡核苷酸合成是一个多步连续的反应,一个循环主要包括Detritylation(脱DMT),Coupling (偶联),Oxidation(氧化,O或S),Capping(封闭)四步反应,每个循环增加一个核苷酸单体,要求反应过程中的副反应尽可能少,否则目标产品的产率就可能很低,且纯化的难度会非常大。所以每一循环的合成效率和循环数(单体数)也就直接决定了最终产品的纯度和产率。

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1 寡核苷酸合成过程——示一个循环

 

比如,同样合成30个碱基的寡核苷酸,在每步合成效率为99.0%时,最终计算产率为74.72%;而如果单步收率降低至98.0%, 则最终收率会降低至55.66%。而同样单步合成效率为99.0%时,10个单体的寡核苷酸产率可达91.35%,而100个单体的寡核苷酸只能获得36.97%。所以固相合成工艺一般合成都在100个单体以内,超过60个单体已经是比较有挑战的了。

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2 寡核苷酸单步偶联效率和最终收率计算

 

寡核苷酸固相合成的关键,包括所用试剂和单体的质量、合成工艺参数,也与所用设备息息相关。在核酸药物发展初期,英赛斯就敏锐的发现了相关市场对大规模核酸合成仪的需求,基于自有专利柱塞泵技术和对寡核酸合成工艺的研究,于2021年9月推出了Unique AutoOligo系列,目前产品已涵盖AutoOligo25,AutoOligo100,AutoOligo150,以及中试规模的AutoOligo600。制备量从10μmol 到50mmol。

产品上市后已广泛应用于DNA,RNA以及各种修饰寡核酸的合成,并成功应用于长达85个碱基的寡核苷酸合成。

 

案例分享:

案例1:21碱基甲氧氟代RNA合成,高合成效率,高纯度

序列:RNA 21碱基 甲氧氟代

目标分子量:6596.3

合成仪器:AutoOligo600

合成柱:FineLINE 35 24ml
       载体信息:Nitto Phase® HL UnyLinkerTM250

合成规模:0.660mmol

单次偶联效率:99.5%

合成纯度:91.268%

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图 3 21 案例1合成色谱图

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图 4 案例1合成质谱

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图 5 案例1 HPLC检测图谱

 

案例2:30碱基全硫代DNA合成

序列:DNA 30碱基 全硫代

目标分子量:9670

合成仪器:AutoOligo100

合成柱:6.3ml合成柱

载体信息:Nitto Phase® HL UnyLinkerTM 250

合成规模:0.175mmol

单次偶联效率:99.4%

纯度:85.372%

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图 6 案例2合成色谱图

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图 7 案例3质谱图

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图 8 案例2HPLC检测图谱

案例3:85个碱基超长RNA的合成

序列:RNA 85碱基

目标分子量:23890

合成仪器:AutoOligo100

合成柱:6.3ml合成柱

载体信息:CPG,1.8g

合成规模:57μmol

单次偶联效率:97.15%

       得率:8.8% (纯化后结果,高于对照合成设备10%)

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图 9 案例3 一步纯化后质谱图

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图 10 一步纯化后HPLC图谱